В статье 217 НК РФ содержится список доходов, НДФЛ с которых можно не платить. Средний заработок за период, когда сотрудник был незаконно уволен и не работал, в этот перечень не включен. Поэтому указанные выплаты, взысканные по суду с нанимателя, являются облагаемым налогом доходом.
Поскольку источником дохода физлица выступает организация, у нее возникают обязанности налогового агента (п. 1 ст. 226 НК РФ).
Если в судебном решении определено, какая сумма должна быть выплачена сотруднику, а какая перечислена в бюджет в качестве налогового платежа, то компания обязана удержать налог и перечислить его в казну.
Если же судья суммы не разделил, то при выплате присужденных сотруднику денег компания не может удержать налог. В таком случае налоговый агент до 1 марта следующего года уведомляет об этом налоговый орган.
Согласно пункту 6 ст. 228 НК РФ работник будет платить налог самостоятельно.
Разъяснения дал Минфин РФ в письме от 18.09.2020 № 03-04-05/81945.