При выдаче дохода физлицу компания признается налоговым агентом. Ей необходимо рассчитать, удержать и перевести в казну НДФЛ. Налог платится по месту нахождения организации. Если у нее разветвленная структура, то НДФЛ переводится как по месту центрального офиса, так и по адресу подразделений. Налог по ОП подсчитывается исходя из сумм, выплаченных его работникам, которые трудятся как по трудовому так и по гражданско-правовому договору.
Если изначально ГПД был оформлен с головным офисом, то передать обязанности налогового агента подразделению нельзя, даже если позже исполнение функций по договору поручено ему. Для этого следует внести коррективы в договор либо заключить допсоглашение с физлицом.
При этом НК РФ не обязывает налогового агента информировать ИФНС об изменении места исчисления и уплаты НДФЛ в связи с созданием ОП и передачей ему указанных функций.