Статья 150 НК РФ устанавливает виды товаров, при ввозе которых в Россию НДС можно не платить, если в таможенные органы предоставлены определенные документы.
При этом пунктом 3 ст. 108 Таможенного кодекса ЕАЭС (ТК ЕАЭС) определено, что документы, по которым информация внесена в таможенную декларацию (ТД), должны быть у декларанта на момент ее подачи.
Соответственно, и бумаги для освобождения ввоза товаров в РФ от НДС должны быть представлены с таможенной декларацией.
На основании пункта 9 ст. 136 ТК ЕАЭС по товарам, помещаемых под выпуск для внутреннего потребления, НДС уплачивается до их выпуска.
Это значит, что если у декларанта нет документов, подтверждающих освобождение от НДС на день регистрации декларации на товары, а они получены после выпуска товаров, то НДС должен быть уплачен в казну.
В таком случае переплата по этому налогу и основания для его возврата из бюджета не возникнут.
Разъяснения дал Минфин РФ в письме от 20.02.2020 № 03-07-15/12749.